7 Agustus 1994
Puncak perlawanan itu, 100 orang aktivis pers berkumpul di Sirnagalih, Bogor, Jawa Barat. Mereka menandatangani Deklarasi Sirnagalih yang intinya menuntut dipenuhinya hak publik atas informasi, menentang pengekangan pers, menolak wadah tunggal untuk jurnalis, serta mengumumkan berdirinya Aliansi Jurnalis Independen (AJI).

Maret 1995
Pemerintah Orde Baru menganggap AJI sebagai organisasi terlarang. Para aktivisnya “bergerak” di bawah tanah, salah satunya dengan menerbitkan majalah alternatif Suara Independen. Akibatnya, tiga aktivis AJI—Ahmad Taufik, Eko Maryadi, dan Danang Kukuh Wardoyo—dijebloskan ke penjara. Sementara para aktivis AJI yang bekerja di media dibatasi ruang geraknya.

18 Oktober 1995
AJI resmi diterima menjadi anggota IFJ, organisasi jurnalis terbesar dan paling berpengaruh di dunia, yang bermarkas di Brussels, Belgia. AJI dinilai konsisten memperjuangkan kebebasan pers dan berekspresi di Indonesia.

Mei 1998
Soeharto lengser. Arus reformasi memaksa perubahan kondisi sosial politik Indonesia. Pers mulai menikmati kebebasannya. Industri pers menjamur. Namun, ini ternyata berdampak pada masalah perburuhan. AJI banyak melakukan advokasi dan pembelaan bagi pekerja pers yang terkena PHK.

Desember 2000
Akhir tahun itu ditutup dengan catatan buruk bagi pers. Kekerasan terhadap jurnalis mencapai 115 kasus. Ini adalah angka puncak setelah cenderung meningkat sejak 1998 dan menurun sejak 2001. Salah satu yang menonjol adalah kasus penyanderaan wartawan RCTI Ersa Siregar dan Ferry Santoro oleh tentara Gerakan Aceh Merdeka (GAM) pada konflik Aceh. AJI terlibat aktif dalam usaha pembebasan keduanya. Sayang, Ersa Siregar tewas dalam kontak senjata TNI Vs GAM.

7-20 Oktober 2003
Kongres AJI ke-V di Bogor, Jawa Barat, memutuskan bahwa bentuk organisasi AJI adalah perkumpulan yang terdiri dari AJI-AJI Kota. Bersama AJI kota-kota lain, AJI Jakarta bergiat mengupayakan terciptanya “iklim pers yang sehat”—ditandai sikap jurnalis yang profesional, patuh pada etika, dan kesejahteraannya layak. Upaya ini terus ditingkatkan dari masa ke masa periode kepengurusan yang diketuai Imran Hasibuan (1998-2000), Nezar Patria (2000-2002), Rommy Fibri (2002-2004), Ulin Ni’am Yusron (2004-2006), Jajang Jamaludin (2006-2009), dan seterusnya.