Perjuangan untuk mempertahankan kebebasan pers merupakan pekerjaan rumah utama AJI hingga kini. Ancaman bagi kebebasan pers itu ditandai oleh kian maraknya kasus gugatan, baik pidana maupun perdata, terhadap pers setelah reformasi. Ini diperkuat oleh statistik kasus kekerasan terhadap jurnalis masih relative tinggi, meski statistik jumlah kasus yang dimiliki AJI cukup fluktuatif.
Persoalan impunitas masih mendera berbagai kasus pembunuhan jurnalis. Seperti kasus pembunuhan Fuad Muhammad Syafruddin wartawan Harian Bernas Yogyakarta, 1996. AJI memberikan perhatian serius atas perkembangan tiap tahun kasus ini. Untuk menghargai dedikasinya kepada profesi, AJI menggunakan nama Udin Award sebagai penghargaan yang diberikan setiap tahun kepada jurnalis yang menjadi korban saat menjalankan tugas jurnalistiknya.
